新車特別為慶祝Ducati90週年而限量製作500臺，配上全新白黑紅拉花襯上金色輪圈，最重要是新車配備全新traction control和wheelie control新科技。新車雖然馬力不變，但卻幫助騎士提升自身的攻彎極限。上眼鏡架和轉向鵝頸內梢都是cnc鋁合金製作，並把頭輪前移5mm，令90週年特別版的轉向幾何，與Panigale R看齊。新車還配備輕量化鋰電和各式carbon配件，令重量減輕又2.5kg。

新的traction control名字是DTC EVO，wheelie control的名字是DWC EVO。利用Bosch IMU和全新軟件，讀取車身傾斜角度和視乎預設尾輪容許的打滑幅度，從而更準確地計算出最佳干預幅度。新系統在介入時會大幅減低波動情況，令到系統作出干預時，騎士感覺更順滑，提升駕駛極限及安全性。 DTC EVO也會同時干預節氣閥內的蝴蝶掩。以前是改變點火時間和唧咀的噴量，現在還可以短暫把蝴蝶掩關閉，此舉能盡量保持燃燒室狀態，以提供更佳的引擎反應和提供更平滑的干預幅度。

由於EVO系統可以做得更細緻和安全，所以新車在DTC Level 1內，加入一個以前只限專業車手才能使用的設定，便是容許駕駛者在彎中以油門製造出額外的尾輪打滑，提升尾輪轉向的效果，同時又有active traction control的保護。所以新車雖然馬力不變，但卻幫助騎士提升自身的攻彎極限。

除了新的DTC和DWC EVO之外，Ducati 1299 Panigale S Anniversario還有Bosch Cornering ABS和DQS - Ducati Quick Shift快速轉波系統，提供彎中煞車的保障和上落波無需扣極力子的快感。

1285cc L2 Superquadro機器能輸出205hp強大馬力，並能按照駕駛者的意願來調較引擎牽引力(EBC - Engine Brake Control)。電子避震當然有DES - Ducati Electronic Suspension和Ohlins Smart EC主動式控制系統，利用無段式摩打，行車時不停調較避震設定，令到駕駛者不論在攻彎或煞車時，都能提升穩定性和抓地力。對操控性和舒適性都有明顯幫助。

新車上架日期是2016年七月下旬，限量500臺，視乎地區及市場大小，不平均地供應。

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